Entre los principales efectos negativos, la eutrofización afecta la vegetación de aguas corrientes, especialmente en lagos y embalses, produciendo la proliferación de fitoplancton y algas. Estas últimas pueden obstruir plantas purificadoras y producir desoxigenación, la que se acentúa cuando ese material se descompone, con lo que se genera una serie de impactos significativos sobre algunos usos del agua, especialmente en cuanto a aspectos turísticos y recreativos. La eutrofización amenaza peligrosamente el abastecimiento de agua, el turismo, la recreación y otras actividades, y es muy difícil y costoso revertirla una vez se ha iniciado en un cuerpo de agua. Los dos sitios Ramsar existentes en Mendoza, que merecen un monitoreo especial, presentan realidades muy diferentes.
En el caso de la Laguna de Llancanelo, en los últimos años se le han realizado una gran cantidad de estudios debido a conflictos ambientales derivados de la actividad petrolera dentro del sitio. En el caso de Guanacache, en cambio, se ha comenzado con una gestión orgánica, en cuanto es un sitio Ramsar en tiempos recientes, y por eso el humedal no se cuenta con estudios suficientemente profundos. Aunque, entre otras acciones, actualmente se realizan actividades de educación ambiental en la zona.
En cuanto a otros humedales de Mendoza, la Laguna de los Horcones y la Laguna del Diamante se ubican en áreas protegidas, por lo que cuentan con monitoreos y estudios de capacidad de carga humana y animal en sus riberas. La Laguna La Salina es considerada área protegida y actualmente se está elaborando un plan de manejo para ella, aunque se trata de un espacio que recibe la atención de los especialistas desde no hace mucho tiempo. Otras lagunas antes mencionadas están ubicadas en áreas agrestes y generalmente poseen carga de ganado en sus riberas (como es el caso de las lagunas de montaña en general). Se esperan los estudios pertinentes.
Merece destacarse un proyecto, desarrollado por la Dirección de Recursos Naturales Renovables y el Centro Regional de Investigaciones Científicas y Tecnológicas (CRICYT), para establecer una reserva hídrica en el Cordón del Plata, que comprendería territorio de Luján y Tupungato. Finalmente, es importante señalar que los embalses de la provincia, así como ríos, arroyos y canales, son monitoreados por el Departamento General de Irrigación (DGI), ente autónomo de la Provincia de Mendoza que constituye un buen ejemplo de gestión del recurso hídrico a nivel nacional. Irrigación cuenta con normas legales en cuanto a vertidos, como la resolución Nº778, y en forma permanente controla y alerta sobre problemas de contaminación de esos humedales. En algunos casos, llega a establecer sanciones.
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